Arbol de la vida completo

Onezoom

Un “Árbol de la Vida” en línea, iniciado hace más de diez años, contiene ahora más de 2,2 millones de especies, lo que lo hace prácticamente completo. La interfaz, llamada OneZoom, se creó para involucrar al público en la evolución, la biodiversidad y la protección de las especies, permitiendo a los visitantes explorar las relaciones evolutivas de una forma completamente nueva. El nombre proviene del hecho de que toda la información está contenida en una sola página, de modo que los usuarios sólo tienen que acercarse o alejarse para revelar más detalles. Las especies individuales están representadas por hojas, que se unen en puntos de ramificación que muestran su último ancestro común.

El Dr. James Rosindell (Imperial College de Londres) se inspiró en el proyecto tras una visita con su colega el profesor Luke Harmon (Universidad de Idaho, Moscú) en 2011 a Down House, antigua casa del famoso naturalista Charles Darwin. El Dr. Rosindell empezó a trabajar en el proyecto en su tiempo libre, lanzando la primera versión en octubre de 2012 (con 5.000 mamíferos). Desde entonces, el proyecto ha crecido de forma espectacular, y el sitio ha atraído hasta ahora a más de un millón y medio de usuarios.

El árbol de la vida de Darwin

En un artículo publicado el pasado mes de diciembre en PLOS Biology (de Vienne, 2016), describí una herramienta en línea, llamada Lifemap, para explorar todo el Árbol de la Vida (o cualquier árbol grande) en una interfaz ampliable (Figura 1). Esta herramienta resuelve muchos problemas que tenían los métodos anteriores, como la posibilidad de mostrar nodos con más de dos descendientes (multifurcaciones) y la posibilidad de explorar sin problemas árboles muy grandes de más de 2 millones de especies.

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Lifemap se apoya en herramientas desarrolladas para la cartografía, especialmente en el contexto del proyecto OpenStreetMap, y propone una nueva forma de representar las estructuras jerárquicas. La exploración del ToL en Lifemap es similar a la de un mapa geográfico: mediante el zoom y el desplazamiento. También es posible hacer clic en cada nodo y punta del árbol para acceder a información adicional (descripción, imagen, enlace a recursos externos, etc.), y buscar “rutas” en el árbol de la Vida (Figura 1). Por último, un eficaz motor de búsqueda permite recuperar inmediatamente cualquier nodo o punta por su nombre latino o común.

Árbol de especies

Los virus son omnipresentes. Infectan a casi todas las especies y son probablemente las entidades biológicas más abundantes del planeta, y sin embargo están excluidos del Árbol de la Vida (TdV). Sin embargo, no cabe duda de que los virus desempeñan un papel importante en la evolución, la fuerza que facilita toda la vida en la Tierra. Conceptualmente, muchos consideran que los virus son entidades no vivas que secuestran las células vivas para propagarse. Una separación estricta entre entidades vivas y no vivas sitúa a los virus lejos de la TdL, pero esto puede ser teóricamente infundado. Los avances en la tecnología de secuenciación y la genómica comparativa han ampliado nuestra comprensión de las relaciones evolutivas entre los virus y los organismos celulares. Los datos genómicos y metagenómicos han revelado que la coevolución entre los genomas virales y celulares implica una frecuente transferencia horizontal de genes y la cooptación ocasional de nuevas funciones a lo largo del tiempo evolutivo. Desde los gigantescos virus marinos que infectan a las amebas hasta los diminutos circovirus porcinos que sólo albergan dos genes, los virus y sus huéspedes celulares están ecológica y evolutivamente entrelazados. A la hora de decidir cómo, si y dónde deben colocarse los virus en el TdL, debemos recordar que el Árbol funciona mejor como modelo de la evolución biológica en la Tierra, y es importante que los propios modelos evolucionen con nuestro creciente conocimiento de los sistemas biológicos.

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Explorador del árbol de la vida

Figura suplementaria 1Vista rectangular completa del árbol concatenado de proteínas ribosómicas presentado en la Figura 1, con los principales linajes coloreados como en la Figura 1 del texto principal. Los organismos se nombran con todos los rangos taxonómicos relevantes. Los valores de soporte Bootstrap superiores a 50 se muestran en los nodos. Este árbol concatenado de proteínas ribosómicas está disponible en formato newick como conjunto de datos suplementario 2. (PDF 559 kb)

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Figura suplementaria 2Árbol condensado de máxima verosimilitud basado en un alineamiento de las secuencias del gen SSU rRNA. Los principales linajes están colapsados y etiquetados como en la Figura 1, con los linajes bien definidos nombrados en letra cursiva y los linajes que carecen de un representante aislado nombrados en letra normal y resaltados con puntos rojos. Los valores de soporte de Bootstrap se indican con círculos en los nodos: negro para un soporte del 85% y superior, gris para un soporte del 50% al 84%. El árbol completo del gen SSU rRNA está disponible en formato newick como conjunto de datos suplementario 4. (PDF 431 kb)

Conjunto de datos suplementario 2Árbol de máxima verosimilitud basado en el alineamiento concatenado de proteínas ribosómicas (Conjunto de datos suplementario 1), base de las figuras 1 y 2 del texto principal, y de la figura suplementaria 1, en formato newick. (TXT 367 kb)

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